В музее мистера Такагава оживает призрак Чёрного Самурая. Дафни Блейк готовится к турниру Мисс Миримото по боевым искусствам. Там же участвует её подруга и ученица мисс Миримото — Миюми. После первого дня турнира на остров, где проходит состязание, является призрак Чёрного Самурая вместе с армией ниндзя, чтобы украсть свиток судьбы, ведущий к храму, в котором хранится меч рока. Команда Скуби-Ду берётся за это дело и решает помешать Чёрному Самураю.