Мир настал на Земле... но ненадолго. Через два года после поражения Галактора Лидер X вернулся и напал на круизный лайнер, убив почти всех людей на борту. Один из пассажиров, маленькая девочка по имени Сэмми Пандора, попадает в плен к Лидеру X. Тот, силой превратив ее в Гель Садру, делает ее новым генералом Галактора.

После возрождения Галактора доктор Намбу и Международная научная организация просят команду ученых-ниндзя Гатчаман снова вернуться на военную службу. Герои получили новые машины и оружие, а также способный летать в космосе «Новый Феникс».

Но их товарищ по команде Джо Кондор считается погибшим в последней битве с Галактором, без него все уже не так, как прежде, и даже с новым оружием и машинами команда в замешательстве. К тому же новый член команды - Гетц Ястреб – оказывается предателем. Но вот чудом выживший Джо Кондор, сперва помогавший друзьям тайно, возвращается в команду…

Отважная команда ученых-ниндзя Гатчаман снова защищает Землю от Галактора!