Спустя несколько лет после приключений Digidestined в Цифровом Мире, новая группа избранных детей была призвана, что бы спасти Цифровой Мир. Злой правитель, известный как Дигимон Кайзер (Digimon Kaizer) или Император Дигимон, порабощает дигимонов Цифрового Мира. Новая группа избранных детей, с помощью их дигимонов, начинает свой путь, с целью остановить злого императора и не дать ему поработить всех дигимонов до единого.