Корпорация «Дайва» установила контроль над правительством Японии и превратило страну в полигон для биотехнологических испытаний. Для секретности Япония вышла из ООН и превратилась в страну-изгоя, укрывшись от остального мира за железным занавесом. Под страхом угрозы эпидемии японцам произведена массовая вакцинация, которая медленно превращает их в андроидов. Их ткани превращаются в биометалл. В разведывательных целях США забрасывают в Японию спецназ (SWORD) в количестве 7 человек, из которых выживает только агент Вексилл, которую укрывают последние японцы-полуандроиды во главе с Марией — бывшей подругой Леона, и ее сослуживец и любимый подполковник Леон Фейдом. Немногочисленные повстанцы, усиленные остатками американского спецназа в лице агента Вексилл, предпринимают отчаянную попытку штурма штаб-квартиры корпорации. Для этого они используют «ершей» — странных созданий, бывших когда-то андроидами и населяющих превращенную в пустыню Японию, в которой не осталось ни рек и ни гор.