В канализацию Нью-Йорка попала колба с радиоактивным веществом и разбилась. Черепахи, обитающие в канализации попадают под влияние действия мутагенного радиоизлучения жидкости и превращаются в человекоподобных черепах-подростков.
Их находит другой мутант — сэнсей Сплинтер, человекоподобная крыса ростом с человека. Сплинтер даёт найденным черепахам имена Леонардо, Рафаэль, Микеланджело, Донателло и воспитывает в духе восточных единоборств.
