Действие второго сезона начинается во Владивостоке, в России. В центре действия нового сезона 13-летняя Суо Павлюченко — дочь русского учёного Михаила Павлюченко и японской женщины. Её брат-близнец Cион — могущественный контрактор, одновременно и объект изучения, и серый кардинал лаборатории их отца. Исследования учёного зашли достаточно далеко, отчего он становится объектом интереса ФСБ, и их зарубежных коллег. В доверие к профессору под видом сотрудника лаборатории втирается агент MI6 Апрель. Но когда она уже максимально приближается к исследованиям профессора, дом штурмует ФСБ, Апрель приходится бежать, предварительно переодев Суо в одежду Сиона. Вскоре Суо встречает Хэя, который принимает её за её брата Cиона и похищает.