Битва продолжается и нет ей конца. На этот раз их подруга Эйприл случайным образом обнаружила откуда родом эта радиоактивная жидкость, которая помогла им мутировать. Но Шредер тоже не так глуп, как кажется, его помощники смогли раздобыть такую же колбу. Шредер начал создавать мутантов для борьбы с черепахами. Но и сам после получения хорошего пинка от черепах угодил в эту слизь и начал мутировать в Супер-Шредера. И сейчас у черепах не одна проблема, а целых три. Это Шредер и два его мутанта (Токо и Рейзор). Решить их не так то просто, так как каждая из проблем раза в два больше ростом и силой чем черепашка.